Cadastro do cliente
Pesquise o cliente que deseja informar essa opção e clique em editar
Após isso informe na aba Financeiro e Faturamento> qual o código de convênio padrão para aquele cliente.
Se ele é SUS, SIMPRO ou IPE.
Com isso o sistema irá buscar sempre a informação determinada para esse cliente, que estiver lançada no cadastro do produto.
E sairá na NF-e conforme a determinação do código de convênio padrão da empresa e preferencia.
Cadastro>Empresa e preferencia>NF-e